Hecho esto, reforma la milicia: el gobierno de la Armada recae en Philip de Montmorancy, conde de Horn, y el de la artillería a Philip Estaveleu, señor de Glayoni; se reducen las bandas de ordenanza a 3.000 caballos repartidos entre 14 cornetas, cuyos capitanes eran los mismos gobernadores de las provincias excepto Juan de Frisia, complementados por:

* Conde Maximiliano Henni de Bossu;

* Conde Antonio Laligni de Hoectrat;

Tras la derrota de Dreux, algunos hugonotes franceses se refugian en las ciudades flamencas de Tournai, Lille y Valenciennes, donde ganan muchos adeptos. Margarita advierte a sus gobernadores, Florence de Montmoranci señor de Montigny y Juan Glimeu, marqués de Berghes. El 22 de marzo, el primero ejecuta a los cabecillas y quema sus libros, pero el segundo se limita a encarcerlarlos y se marchar a Lovaina para no cumplir la sentencia. Margarita intenta ejecutarlos ella misma, pero el populacho lo impide apedreando a los alguaciles mientras cantan los salmos sagrados traducidos al francés por Clemente Maroto, que había sido camarero de Francisco I. La cabeza de este es puesta a precio y tiene que huir a Turín, donde muere.

Entretanto, algunos nobles y eclesiásticos de Brabante se oponen a que los nuevos obispos tomen posesión de sus diócesis, pues eso perjudicaría los privilegios de los antiguos abades. Envían una carta al papa, pero Margarita se adelanta advirtiendo al embajador en Roma. Para prevenir nuevos disturbios, Margarita prohíbe la convocatoria de los estados generales, no así la de la Orden del Toisón, donde confabulan igualmente sus adversarios. Orange, Egmont y Horn escriben al rey contra Granvela. Felipe rechaza destituirlo salvo que aporten pruebas concluyentes, y ordena a Egmont acudir a España con ellas. Este rehúsa aceptar, temiéndose una celada, y responde que su deber era permanecer atento a las fronteras con Francia.