Inmediatamente ordenó a sus tropas el cese de hostilidades contra los rebeldes y envió cartas al Consejo de Estado, proponiendo una tregua y la retirada de los tercios a cambio de que mantuvieran la fidelidad a la corona y la salvaguarda de la fe católica. Los nobles enviaron con la respuesta a un asesino llamado Ische, al que finalmente le faltaron redaños para cometer el magnicidio.

Por consejo de Gonzaga, el 17 de febrero de 1577 don Juan aceptó firmar el Edicto Perpetuo que confirmaba la Pacificación de Gante, para no desobedecer las instrucciones de su hermanastro y aparecer como deseoso de poder y gloria a los ojos de la corte española. Como muestra de buena voluntad, comienza por despedir a su guardia española y toma otra valona mandada por el duque de ArschotAarschot.

Ante la orden de cese de hostilidades, la exigua guarnición del castillo de Gante, que por las circunstancias se encontraba mandada por la mujer del coronel Mondragón, y que había soportado valerosamente dos asaltos protagonizados por 6.000 rebeldes, tuvieron que rendirse. Fue tal su valor, que los rebeldes le presentaron honores militares a su salida. Algo similar pasó en Utrecht, donde Francisco Hernández se negó a rendirse por desconfiar de la autenticidad de la firma del nuevo gobernador, por lo que los rebeldes optaron por conceder un salvoconducto a un mensajero español para que se entrevistase personalmente con él y garantizara la orden. El de Amberes fue el último castillo en entregarse, haciéndolo Martín del Hoyo, teniente de Sancho Dávila, al duque de ArschotAarschot, quien juró retenerlo en nombre de Felipe II o de sus sucesores. La guarnición se une al tercio de Francisco de Valdés y con la caballería para ir hasta Maastricht, donde se deben juntar las tropas para partir juntas a Italia. La tropa tiene un conato de rebelión cuando los pagadores le comunican que no recibirán sus atrasos hasta llegar a su destino. Ante las disputas entre Vargas, Dávila, Romero y Valdés sobre quién debe mandar la columna, don Juan nombra a Mansfeld.

Tras esto, las tropas españolas parten hacia Milán el 27 de abril de 1577, no sin que Dávila pronosticara a D. Juan que pronto los llamaría de vuelta y de que este cometiera la injustificable torpeza de negarse a despedirles personalmente. Era ingenuo pensar que Orange cumpliese honestamente la paz de Gante, máxime cuando no tenía autoridad ni moral ni política sobre el resto de nobles para que retornaran a la fe católica. Siguiendo su costumbre de desacreditar a los españoles, comenzó a difundir pasquines en los que afirmaba que D. Juan no cumplía el tratado y que las tropas se hallaban escondidas en las proximidades de Flandes. Pese a que envió pruebas de las traiciones de Orange a los nobles flamencos, estos le recibieron en Bruselas como nuevo gobernador de Brabante y entregaron Flandes al archiduque Matías de Austria, hermano del emperador Rodolfo. La fortaleza de Amberes, símbolo de la dominación española fue capturada con engaños y derruida<ref>Ocho años más tarde, Alejandro Farnesio ordenó que se reconstruyera, corriendo los habitantes con los gastos.</ref>.

Alertado por Arschot Aarschot de la conjura que pretende asesinarle, don Juan se refugia en Namur, cuyo inexpugnable castillo convierte en su nueva residencia oficial. Le acompañan el consejo de Estado y el de Hacienda, el duque de ArschotAarschot, el marqués de Havre, Roeulx, Hierges, Floyon, Meghem, Fauckemberghe, Haultpenne, Licques, Tassis y Berlaimont. Por su parte, Orange conspira con Hierges, Aldegonde, Egmont, Lalaing y Hesse la captura de don Juan y su elección como gobernador. Su ejército entra en Gembloux, a tres millas de Namur, para interceptar los suministros que puedan llegarle. En otras plazas resisten las coronelías alemanas de Frondsberg, Fugger, Polwiller y del difunto Herberstein, que habían retrasado su partida hasta recibir sus pagas. A Namur llegan Manderscheid con un regimiento levado en Luxemburgo y Chevreaux con otro borgoñón.

Los 6.000 españoles reunidos en Lombardía inician la marcha pero en Cremona Julián Romero cae fulminado del caballo por un ataque de apoplejía. A finales de 1577 llega el ejército a Luxemburgo al mando de Farnesio. Los rebeldes se apresuran a pedir ayuda a Francia, Inglaterra y Alemania. El 13 de noviembre, el duque de Alençon se compromete a defender la independencia de los estados, pero estos nombran gobernador títeres al joven archiduque Matías de Austria, hermano del emperador Rodolfo.

Un mes más tarde, ambos ejércitos se enfrentaban en Gembloux, siendo ==1578==Los rebeldes ocupan varias fortalezas del ducado de nuevo la ventaja para los rebeldes: 25Namur y ponen cerco a su capital.000 frente El 31 de enero llegan a 17.000. La caballería, mandada por el propio sus inmediaciones Juan de Austria y Alejandro Farnesio, se lanzó a acompañados de la carga sin esperar siguiente fuerza:* Compañía de la orden guarda del gobernador, al mando de su tíoteniente García de Aldana. Los jinetes rebeldes huyeron tan precipitadamente que se estrellaron contra su propia infantería* Compañías de caballos ligeros de Bernardino Mendoza, Hernando Toledo, Alonso Vargas, Juan Baptista del Monte, Nicolao Basta, desordenándola Curcio Martinengo y volviéndola presa fácil Aurelio Palermo.* Compañías de arcabuceros a caballo de los españolesAntonio Olivera, que los persiguieron hasta BruselasJuan de Alconeta, realizando una gran degollinaAntonio Dávalos. Se les arrebataron 34 banderas, toda la artillería y cantidad * Compañía borgoñona de bagajes y munición, que permitió a los tercios combatir durante varios mesesMoussey. Aunque D* 1. Juan reprendió severamente a Alejandro por arriesgar su vida como un simple soldado, no dudó en atribuirle la victoria en las cartas que dirigió a Felipe II, si bien el otro hizo lo recíproco, tal era la estrecha amistad que les unía desde pequeños000 arcabuceros y 200 piqueros españoles.

El resto del ejército permanece a una distancia entre 2 y 4 leguas. Los rebeldes levantan el campo y se retiraron precipitadamente marchan en dirección a Amberes mientras los tercios avanzaban Gembloux, hostigados por Brabante. la caballería de Ottavio Gonzaga reconquistó Boubignes, Tillemont, Lovaina y Arschotuna partida de arcabuceros al mando del barón de Chevreaux. Sin esperar órdenes, mientras Farnesio tomó al asalto Sitchencarga a la caballería y, ejecutando a todos cuantos habían faltado pese a su palabra de rendición en ocasiones anterioressuperioridad numérica, esta huye precipitadamente, chocando con su propia retaguardia formada por escoceses y franceses. Cuando Diestem y Leiva se le rindieron sin lucha, perdonó Alejandro continúa la vida de todos sus habitantes para carga con tanta determinación que sirvieran consigue desbaratarla en menos de ejemplouna hora. Reunidos ambos ejércitos para Al ver la toma debilidad de los rebeldes, el resto de Nivellesla fuerza se lanza al ataque contra el grueso, los alemanes compuesto por valones y neerlandeses. La vanguardia valona se amotinaronda directamente a la fuga, pero dando muestras refugiándose la mitad en Gembloux y siguiendo el resto hasta Bruselas. Gonzaga emprende la persecución, matando a más de compasión, D7. Juan solo ajustició 000 a uno costa de los líderessolo 2 bajas. Tras estoSe capturan 4 estandartes de caballería, se rindieron también Malbodio34 banderas de infantería, Sabis, Reulx, Bellomont, Soingniac, Barlamont, Cimay toda la artillería y cantidad de bagajes y Philippesvillemunición, donde tuvieron que emplearse las palas en lugar de las bateríaspermitiría a los tercios combatir durante varios meses. Con ello se habían recuperado las provincias de Henao El general Goignies es capturado y Namurllevado ante don Juan, pero D. Juan cayó enfermo del estómago y tuvo que delegar el mando en Farnesioquien se niega a concederle clemencia por haberse levantado contra su rey legítimo.

En primer lugar, este sometió la provincia Los tres tercios españoles se ven reforzados por el de Lope de LimburgoFigueroa, aunque para tomar su capital tuvo que levantar una colina artificial que le permitiera emplazar la artillería aporta 4.000 veteranos fogueados. Los rebeldes se retiraron precipitadamente a la misma altura que Amberes mientras los muros de la fortalezatercios avanzaban por Brabante. De esta forma quedaba cerrada una de las rutas de los refuerzos alemanes. Mientras tanto GuillermoGonzaga reconquistó Boubignes, en lugar de coger personalmente las armasTillemont, seguía su política de publicar panfletos difamando a los españoles Lovaina y ejecutar Aarschot, mientras Farnesio tomó al asalto Sichen, ejecutando a todos cuantos sacerdotes católicos se negaban habían faltado a abjurar. Entre los éxitos de su guerra sucia se cuenta el asesinato palabra de Juan Escobedo, secretario de Drendición en ocasiones anteriores. Juan cuando fue a la corte a informarCuando Diestem y Lieden se le rindieron sin lucha, gracias a las intrigas de Antonio Pérez y perdonó la expansión del rumor vida de todos sus habitantes para que aquel pretendía casarse bien con la reina sirvieran de Inglaterra o con ejemplo. Reunidos ambos ejércitos para la toma de Escocia y convertirse en soberano independiente de Nivelles, los Países Bajos. De sus aliados obtuvo además 12.000 soldados alemanesse amotinaron pero, financiados con oro inglésdando muestras de compasión, que se establecieron en Nimega y un contingente francés mandado por el propio duque don Juan solo ajustició a uno de Alençon que se dirigió a Monslos líderes.

Como los franceses causan muchos desórdenes, don Juan los licencia, partiendo con ellos la mayoría de los loreneses. No obstante, muchos franceses faltaron a su palabra y se alistaron en el bando protestante para socorrer Philippeville. Farnesio envió contra la plaza a Gonzaga con infantería y caballería suficiente para rendirla, tras lo cual ejecutó a todos los traidores. Tras esto, se rindieron también Malbodio, Sabis, Roeulx, Bellomont, Soingniac, Berlaimont y Chimay. Con ello se habían recuperado las provincias de Henao y Namur, cuando cayó enfermo de tifus y tuvo que delegar el mando en Farnesio. En primer lugar, este sometió la provincia de Limburgo, aunque para tomar su capital tuvo que levantar una colina artificial que le permitiera emplazar la artillería a la misma altura que los muros de la fortaleza. De esta forma quedaba cerrada una de las rutas de los refuerzos alemanes. Mientras tanto Guillermo, en lugar de coger personalmente las armas, seguía su política de publicar panfletos difamando a los españoles y ejecutar a cuantos sacerdotes católicos se negaban a abjurar. Entre los éxitos de su guerra sucia se cuenta el asesinato de Juan Escobedo, secretario de don Juan cuando fue a la corte a informar, gracias a las intrigas de Antonio Pérez y la expansión del rumor de que aquel pretendía casarse bien con la reina de Inglaterra o con la de Escocia y convertirse en soberano independiente de los Países Bajos. De sus aliados obtuvo además 12.000 soldados alemanes, mandados por el duque Casimiro y financiados con oro inglés. Ante el temor de que saqueen Borgoña o Luxemburgo, Farnesio envía a la primera a un tercio bisoño que venía por el camino, y a la segunda a Verdugo, Manderscheid y Altemps, además de nuevos contingentes de reiters: 1.000 de Polwiller, 1.500 de Francisco de Sajonia, 600 de Willies y otros tantos de Ville. Los alemanes rehúyen el combate y se establecen en Nimega. Otro contingente francés mandado por el propio duque de Alençon se dirige a Mons. Una epidemia de peste se ceba en ambos ejércitos. Por entonces los españoles recibieron valiosos refuerzos, entre los que se contaban numerosos miembros de la [[nobleza]], ansiosos por combatir, como Diego Hurtado de Mendoza o Sancho de Navarra. Con ellos se formó formidable un ejército que se dirigió a Malinas, donde les esperaban, como era habitual fuerzas superiores: 12.000 infantes y 7.000 caballos. Los rebeldes consiguieron tender una trampa a los valerosos soldados españoles, que cayeron en ella por su propio arrojo. Al final del día, gracias a la astucia de Farnesio y al sacrificio de parte de su caballería, pudieron los tercios retirarse en orden, sufriendo bajas similares a las del otro bando. Cuando, recuperada la formación volvieron a plantear batalla, los rebeldes prefirieron retirarse. Simultáneamente, en el sur, los franceses eran derrotados. El dinero volvía a escasear y Felipe II contestaba con evasivas a su hermanastro. Isabel I envió a don Juan a dos altos miembros de su corte para tratar la paz, pero gracias a una misiva de Bernardino de Mendoza, a la sazón embajador en Londres, pudo descubrirse a un asesino que se escondía entre la comitiva. Poco después volvía a enfermar don Juan y viendo próxima su muerte nombró a su sobrino general en jefe del ejército y gobernador de Flandes en presencia de todo el consejo. Tras una corta agonía, murió el 1 de octubre de 1578 a los 33 años, siendo su cuerpo embalsamado y llevado a la catedral de Namur. Al recibir la noticia, Felipe confirma a Farnesio como gobernador. En junio de este año había muerto también Sebastián de Portugal, cuando combatía a los moros en la batalla de Alcazarquivir. La reclamación de sus derechos al trono por parte de Felipe II, hijo de Isabel de Portugal, abría un nuevo frente en el que emplear los fondos y las tropas que tanta falta hacían en los Países Bajos.