Con ocasión de la empresa de Inglaterra, la Armada se concentró en Lisboa y se articuló en cinco escuadras, cada una de ellas con un tercio embarcado. Además de los de Nápoles IV y parte del Sicilia IVal mando de su SGM, se organizan los de Francisco de Toledo, Agustín Mejía, Nicolás Isla. Un sexto al mando de Juan del Águila permanece permaneció en Santander como reserva a la espera de una segunda fase que nunca se produjo.

Los tercios El tercio de Isla y Mejía fueron reformados pasó a su regresolos Países Bajos, donde sería reformado en 1596. El del Águila sería destinado a Bretaña, desde donde realizaría varias incursiones a Inglaterra hasta ser capturado en Irlanda tras la batalla de Kinshale (1602). Solo el de Toledo tendría continuidad, convirtiéndose en el Tercio Viejo de Armada.