La defensa de la península Ibérica seguía siendo responsabilidad de las Guardas de Castilla y de algunas unidades de milicias de escasa eficacia. En 1568, Juan de Austria recibió el mando del primer ejército de maniobra peninsular para someter la rebelión morisca en las Alpujarras, pero sería disuelto en 1571 una vez conseguido su objetivo. Simultáneamente, la Capitanía de Granada se trasladó a Vélez Málaga para hacer frente a los piratas berberiscos, de ahí que fuera rebautizada como Capitanía General de la Costa. Alba murió como primer virrey de Portugal tras conquistarlo en 1580 al mando de un nuevo ejército expedicionario. En 1589 se creó la Capitanía de Canarias para defender el archipiélago de los corsarios británicos. Pese a su fracaso en la empresa de Inglaterra, el duque de Medina Sidonia se convirtió en el primer capitán general del Mar Océano y Costas de Andalucía (mapa 3). Desde entonces, varios tercios de infantería ordinaria servirían ocasionalmente en la Armada hasta que Patiño crease oficialmente la infantería de marina en 1717.