Comienza el rey por enviar nombrar a Ambrosio de Aguiar como gobernador de las Azores, y lo envía a la isla de San Miguel escoltado por 2 compañías de infantería a cargo de Lorenzo de Noguera para que acabe . Pedro Peixoto da Silva aporta naves e infantería portuguesa. Posteriormente llegan 4 naves guipuzcoanas con los corsariosotros 500 infantes españoles. Luego avanza  El 10 de julio, el marqués con de Santa Cruz sale de Lisboa 30 naves, llevando embarcada la siguiente infantería:

Los franceses parten de Nantes con 60 velas y 2.500 franceses, al mando de Felipe Strozzi, el conde de Brissac y Antonio de Crato. Llegan a San Miguel el 10 15 de julio. Noguera intenta impedirles el desembarco, pero es derrotado y muerto, sucediéndole Juan del Castillo. Esa noche, Peixoto abandona la isla en una carabela y se dirige a Lisboa en busca de refuerzos. El 23 de julio llega la flota española, con el marqués en vanguardia, Bobadilla a la izquierda, Figueroa a la derecha y Eraso en retaguardia. Como los franceses tienen noticia de que otra flota ha partido de Andalucía, deciden plantearle batalla a la primera antes de que se reúnan. Tras una breve escaramuza, la falta de viento obliga a las flotas a retirarse, marchando los franceses a tierra y los españoles a alta mar. El día de Santiago Bazán se apresta para el combate, pero la nave de Eraso se ha desarbolado, por lo que lo aplaza hasta el 26.

El marqués suelta la nave de Eraso, que llevaba a remolque y acude en socorro del San Mateo. Cuando llega a su altura, otras naves españolas se le han adelantado y tienen controlada la situación, por lo que ataca a la nave de Strozzi, que se rinde poco después. Viendo capturadas su almiranta y su capitana, el resto de naves franceses que no están trabadas a las españolas se retiran, concluyéndose el combate tras cuatro horas. No se pierde ningún barco español, pero muchos quedan averiados. Se contabilizan 220 muertos y 500 heridos. Los franceses pierden 10 navíos y 23.000 300 muertos, incluyendo a Strozzi. Santa Cruz llega a San Miguel con su armada victoriosa, y recibe la sumisión de los lugareños en nombre del rey. Allí ordena a Bobadilla ejecutar a todos los prisioneros franceses e ingleses acusados de piratería, ya que oficialmente sus naciones están en paz con España. Una vez llegadas a la isla las naves de la India, el marqués las escolta hasta Lisboa, donde es agasajado. Quedan en San Miguel 2.000 españoles al mando de Agustín Íñiguez. Crato había huido a Terceira antes de la batalla, y se está ganando mucha impopularidad entre sus propios seguidores, al extorsionarles para obtener dinero y abusar de las lugareñas, ejemplo que imitan sus hombres. Como su ejército supera la capacidad de sostenimiento de la isla, decide partir en 30 naves a la conquista de Madeira y Canaria. Queda por gobernador rebelde de la isla Manoel da Silva Cotiño, con 500 franceses.

Crato se está ganando mucha impopularidad entre sus propios seguidores, al extorsionarles para obtener dinero. Algunos le aconsejan hacerse fuerte en Terceira con su ejército, pero este supera la capacidad de sostenimiento de la isla, por lo que decide conquistar Madeira y Canaria. Portugal ya está completamente sometida, por lo que Felipe concentra sus recursos en construir una gran armada con la que señorear el océano, prestar escolta a los convoyes de Indias y expugnar la Terceira. Juan Ruiz de Velasco llega a Lisboa con dos galeazas de 100 cañones fletadas en Nápoles.