9 compañías del Tercio de Nápoles III fueron enviadas a la toma de porto Ercole (Toscana), donde quedaron de guarnición.

El Tercio de Nápoles IV invade las tierras del papa Paulo IV, aliado de Francia, y regresa al reino cuando fue invadido por los franceses.

Los tercios de Sicilia II y Nápoles III intervinieron en la batalla de San Quintín<ref>Cabello La piedra, Luis María. 1927.</ref>.

Tras la paz de Cateau-Cambresis, Felipe II pretende mantener los tercios de Sicilia II y Nápoles III en los Países Bajos, para impedir la expansión del calvinismo, fusionándolos en el Tercio de Flandes I al mando de Navarrete (Sicilia) y otros 16 capitanes. Pese a las gestiones de la duquesa Margarita de Parma, los estados generales se niegan a mantenerlo y exigen su retirada, por lo que en octubre de 1560 parte hacia Holanda y Zelanda, donde es embarcado en la flota a la espera de un viento propicio para zarpar. Allí muere Navarrete.

La partida se retrasa hasta el 10 de enero de 1561, pero la flota se dispersa y no llega a Laredo, como estaba previsto: Juan de Mendoza (Nápoles) y catorce compañías desembarcan en Coruña, Betanzos, Ribadeo y otros puertos del Cantábrico; Julián Romero (Sicilia) llega a Portugal con tres compañías, desde donde viaja hasta Cádiz y luego a Toledo para informar al rey el 23 de febrero. Allí recibe órdenes de partir a reforzar La Goleta con tres compañías. En junio de 1561 Mendoza embarca el resto hacia Sicilia y Nápoles, donde despliega en diversas fortalezas junto a las del Tercio de Nápoles IV.

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