El caballo pintado hace 17.000 años en la cueva de Lascaux mostraba el cuerpo rojizo con algunas zonas canosas y cabos negros con raya de mulo en el lomo. las crines y los extremos de las patas eran negras. Curiosamente, es la misma capa que conservan aún hoy día todos los ejemplares supervivientes del caballo de Przewalski.

La biología molecular ha permitido a los veterinarios comprender el funcionamiento de la genética del caballo para comprender cómo se producen los colores de las capas de las diferentes razas. El color afecta por un lado al pelaje corto (cuerpo), por otro al pelo largo (crines)y, finalmente, a los ojos. Generalmente, el cuerpo presenta una capa sólida de un color , mientras que las crines pueden presentar el mismo color del cuerpo o bien otro diferente. Algunos caballos tienen un patrón producido por la combinación del color del pelaje y de áreas blancas por falta de pigmento o encanecimiento prematuro. El fenotipo es el color que muestra el animal y está determinado por su genotipo, es decir, el conjunto de genes que aporta cada progenitor. Un gen recesivo necesita que sea aportado por ambos progenitores (se escribe en minúscula), mientras que en un gen dominante basta con que lo aporte uno de ellos (letra mayúscula). Si un caballo lleva el mismo gen en ambos alelos, se denomina homocigótico (G/G, g/g) y si lo lleva diferente (G/g, g/G), heterocigótico. Así, por ejemplo: